科學家發(fā)現(xiàn)230種海洋病毒 新工具揭示巨型病毒秘密。美國邁阿密大學羅森斯蒂爾海洋、大氣與地球科學學院的科學家開發(fā)了一種名為BEREN的創(chuàng)新性生物信息工具。該工具利用高性能計算機,在海洋宏基因組數(shù)據(jù)集中識別出230種新型巨型病毒,并對其功能進行了表征。研究成果發(fā)表于最新一期《NPJ病毒》期刊上。
巨型病毒在單細胞海洋生物,即原生生物的生存中發(fā)揮著重要作用。這些原生生物包括藻類、變形蟲和鞭毛蟲等,構成了海洋食物網(wǎng)的基礎。由于它們是食物鏈的重要組成部分,一些大型DNA病毒可能會引發(fā)有害藻華暴發(fā),影響人類健康。
此前,因生物信息學流程局限,巨型病毒長期未被充分檢測。此次,團隊開發(fā)的新工具BEREN能從龐大的公共DNA測序數(shù)據(jù)集中高效識別巨型病毒基因組。他們利用邁阿密大學的“飛馬座”超級計算機處理并組裝了大量宏基因組,重建了數(shù)百個微生物群落數(shù)據(jù)集。
研究還發(fā)現(xiàn),這些巨型病毒基因組中包含530種新功能性蛋白質,其中9種參與光合作用,表明這些病毒可能在感染過程中操縱宿主及其光合作用過程。
這項研究通過改進現(xiàn)有工具,建立了檢測新型病毒的新框架,未來有助于檢測水道中的污染物和病原體。